Baliaci papier je porézny materiál; jeho základnú štruktúru tvoria rastlinné vlákna a pomocné prísady, ktoré mu dodávajú silné hydrofilné vlastnosti. Keď je papier vystavený vlhkosti, deformuje sa; v závažných prípadoch sa na ňom môžu objaviť plesňové škvrny a počas skladovania je náchylný na zmenu farby a zníženie pevnosti v ťahu.
Skladovacie sklady sa musia udržiavať v suchu a úroveň vlhkosti prostredia by sa mala prísne kontrolovať. Pri stohovaní papiera by mal byť vyvýšený pomocou drevených podvalov-umiestnených približne 25 mm nad podlahou- a udržiavaných v určitej vzdialenosti od stien. Medzi paletami by sa mali udržiavať značné medzery, aby sa uľahčilo dostatočné vetranie. Po stohovaní by mali byť papier a palety bezpečne zabalené spolu pomocou stretch fólie. Zásoby by sa mali pravidelne kontrolovať-s osobitnou pozornosťou na stav spodnej{8}}väčšiny paliet-a prísne dodržiavať zásadu „prvý-prvý{11}}do vnútra, prvý{11}} von“ (FIFO), aby sa predišlo znehodnoteniu papiera spôsobenému dlhodobým skladovaním. Počas používania-konkrétne po rozrezaní alebo počas procesu tlače{14}}by mali byť všetky zvyšky papiera alebo nepoužitý materiál okamžite zabalené do strečovej fólie, aby boli chránené pred vlhkosťou.
Pri preprave krehkých predmetov možno pokrčený baliaci papier použiť ako prázdny{0}}výplňový materiál, ktorý zaberie prázdne miesta v prepravnom kontajneri, čím sa zabráni posúvaniu predmetov a poškriabaniu povrchu [16]. Kartónové škatule vyrobené z baliaceho papiera tiež vyžadujú ochranu pred vlhkosťou; okrem toho, vzhľadom na ich nízky bod vznietenia, musia byť počas skladovania dodržané špeciálne protipožiarne opatrenia. Kartónové škatule určené na balenie potravín by sa nemali používať opakovane, pretože to riskuje množenie baktérií a ohrozuje bezpečnosť potravín.